管委会管理架构具体设置10个部门，分别为：办公室、人事人才处、经济发展处、财政管理处、规划国土处、建设处、招商投资处、科技创新服务处、纪律监督室，另设机关党委。

管委会下属4个平台公司，分别为：365bet赌城投注_365手机app_365bet365娱乐科技创新投资有限责任公司、365bet赌城投注_365手机app_365bet365娱乐麒麟科技城建设发展有限公司、南京麒麟创业投资有限公司、南京麒麟汇智企业服务有限公司。